李逍遙回到山神廟附近，遇見正在幫嬸嬸探求小李逍遙的香蘭，隨后李逍遙從山神廟往下走來到自己過去最喜好去的地方，并發明一個盒子內裝有水靈珠，此時小李逍遙突然出現，并收起了盒子。繼續出去離開山洞。但還是沒有回到現實。來到碼頭，遇見以為正急于聘請船工的商人，李逍遙閑著沒事做，于是上船幫忙，隨船來到蘇城。在蘇城城門口突然發明十年前的林天南和林月如，此時周圍朦朧，李逍遙回到了現實。李逍遙回到大理的女媧神店，此時鳳凰蛋已經孵出了鳳凰，得到了鳳凰蛋殼。阿奴和李逍遙進入試煉洞{試煉洞內遇到一太小的洞，主角無法進入，于是阿奴放出自己飼養食蠱鳥進入洞中食蠱。圣姑請托李逍遙從屋后去試煉洞幫忙探求36個傀儡蠱。李逍遙獨自出發，卻在路上遇見了正在訓練毒獸的蓋羅嬌。蓋羅嬌以為李逍遙前來偷看機密，于是和李逍遙交戰起來。此時阿奴趕到，并向蓋羅嬌解析清楚，兩人才解除誤會。由于羅剎鬼婆實在難以敷衍，李逍遙不勝任戰，最終告敗。食蠱鳥出洞后會產下很多蠱卵}{試煉洞底下每層都有一座女媧遺跡，每座遺跡中可以找到呼喚神仙的咒文，一共有五個地點，可以學到五種咒文}，收集足夠傀儡蠱后回到圣姑家交給圣姑。不久趙靈兒康復，加入主角隊伍，開始起程到大理的女媧神殿。來到大理，發明黑苗人前來偷襲，一路殺敵，主角們來到女媧神殿。趙靈兒跪拜娘親的石象，女媧象顯靈，并把圣靈珠、圣靈披堸和天蛇杖傳授給趙靈兒。三人下一層階梯，由神殿東北面走去來到祭雨壇。趙靈兒把圣靈珠安放在壇邊的石碑上，壇的周圍立即出現四個臺座。把水、土、風、雷、火靈珠按照：火雷水風土順序擺放在臺座上，五靈珠顯靈，趙靈兒念起了祈雨咒文，隨即大雨降臨，大理干旱大地回復生氣希望，黑苗人以為女媧顯靈，統統慌忙逃跑。白苗人民馬上召開慶賀大典，不料黑苗派來的地魔獸從地面冒出，三為主角前去消滅之，決定繼續前進徹底消滅拜月教。圣姑見告李逍遙趙靈兒有身并受傷了，需要李逍遙找需要鳳凰蛋殼、麒麟角做藥材醫治，但林月如已經無法救治。

南紹城：通過無底深淵，三人來到南紹城，在南紹大殿上，趙靈兒在大廳與巫王晤面，此時拜月教主出現，并使兩手下與三位主角開戰。戰勝兩手下后，趁眾人不鎮，巫王手釀成尖刀，插入趙靈兒后背，趙靈兒受重傷。巫王釀成樹精，眾人才知道此巫王由樹精釀成，真正的巫王已經被拜月教主所殺。憤怒的李逍遙和阿奴消滅了樹精。法寶系列：吸星鎖，捆仙繩，雷火珠，血玲瓏。趙靈兒奇跡般復活過來出如今兩主角間。三人同心協力打敗了拜月教主。拜月教主不甘失敗，跳入的水池。眾人以為已經勝利時，突然聽見水底水魔獸的聲音，所以決定下水把水魔獸消滅。傷心的李逍遙回想起過去的事情，并想起被忘憂散所忘卻的記憶。三人再次與拜月教主交戰。顛末艱苦的斗爭，終于再次戰勝拜月教主。趙靈兒在戰斗中不鎮使背后的傷口裂開，血液流到水中，竟被臨終的拜月教主吸取(趙靈兒流有女媧血統)而得到不死身。拜月教主準備再次敷衍三人，趙靈兒急忙使用風咒送李逍遙和阿奴上地面。可怕的拜月教主沖塌了地面，掀起了洪水淹沒了南紹城。阿奴不鎮被卷入水中，李逍遙匆忙潛入水中營救阿奴。趙靈兒使用全身靈力，決定完成娘親未完成的事情，以自己的身材自身爆破封印拜月教主。戰斗結束。李逍遙來到西面的西廂房會見了趙靈兒，出來到花園，在丫環見告下，來到花園找到林月如并攀談成親的事情。當夜，嬸嬸了解了趙靈兒和李逍遙的關系，并決定把鐵劍和飛龍探云手授與李逍遙，讓李逍遙帶趙靈兒去找娘親。

夢境：李逍遙乘著飛劍，跟蹤著幾個小鬼來到羅剎洞。回歸的路上，李逍遙遇見了復活的林月如(這就是圣姑要你找36條傀儡蟲的作用了)，正抱著憶如，等待著李逍遙……職員表完了之后，又回到了盛魚村，玩家操縱王小虎。王小虎來到市集的木匠店，一名蠻不講理的客人要求換椅子，學徒小貴子請求小虎請正在修籬笆的師父回店。小虎來到十里坡下的籬笆前，把事情告訴夫木匠師傅，木匠師傅便匆匆離去。王小虎來到十里坡頂，看見李逍遙正要跳到劈面的山崖，秀蘭在一旁勸住。李逍遙一下子跳了過去……十四年后，王小虎已長成身強力壯的青年了，在兩個山崖中搭了一個橋，又是個風卷云殘，預告仙劍2代劇情……

月如版隱蔽結局：

時機：把收集的36只傀儡蟲交給圣姑之前。

李逍遙也要離開阿奴踏上回歸的路。

物品：

七大毒蠱:金蠶蠱，孔雀膽，血海棠，斷腸草，無影毒，三尸蠱，鶴頂紅。

鞭子系列：長鞭，九節鞭，金蛇鞭。

李逍遙求饒，并說明來求藥的緣故原由。

武器系列：金童劍，玉女劍，越女劍，鳳鳴刀。

暗器系列：銀針，袖里劍，透骨釘，梅花鏢，無影神針。

其他物品：聚寶盆，七彩玉靈芝，靈心珠，六十六只傀儡蟲，九只金蠶王。

只要有以上物品及符合條件，對大林月如直接按回車鍵，只要看見林月如身上發光，就成功了!

靈兒版隱蔽結局：

時機：替圣姑去試煉窯收集36只傀儡蟲之前。

物品：

咒符系列：風靈符，水靈符，土靈符，雷靈符，火靈符，天師符。

毒物系列：忘魂花，紫罌粟，醍醐香，迷魂香，尸腐肉，蝮蛇涎，纏魂絲。

毒蟲系列：蜂巢，毒龍砂，赤蝎粉，化尸水。

裝備系列：玉鐲，絲衣，香袋，繡花鞋，仙女劍，青絲巾，青鋒劍，金罡珠，五毒珠。

其他物品：青龍碧血玉，七顆女媧石，糖葫蘆，壽葫蘆。

只要有以上物品及符合條件，對靈兒使用青龍碧血玉，只要聽到李逍遙在仙靈島偷看靈兒洗澡的音樂，就表現成功了!