故事一開始張無忌被關在武當山下的屋內，調查屋子的門離開小屋，然后從地圖右上的出口上武當山，山道上會發生戰斗，張無忌被人擄走。武當山上上演張翠山夫婦自刎劇情，張無忌在大殿內因寒毒發作暈厥。
　　
 兩年后，無忌醒來先去紫霄殿內殿找張三豐，對話后去找宋遠橋、俞蓮舟、張松溪讓他們傳授武功，分別會獲得梯云縱秘籍、六和勁秘籍、武當長拳秘籍和小擒拿手秘籍。隨后張三豐會帶無忌上少林求取九陽真經，來到武當山下城鎮，進入河岸地形，然后經過漢水渡口南，再進入河岸地形，按A鍵改變同伴的AI類型為死士型，這樣張三豐會解決所有敵人，你只要負責撿錢和煉藥材料就可以了，盡量多打點錢，這樣在少林寺山下城鎮就可以買件七色袍和鐵制手套，以后的戰斗會輕松很多，盡量就不要用修改了，游戲改了就沒有多大意義了。

 來到少林寺山腰，空聞斷然拒絕了張三豐的請求，無奈之下張三豐只得帶無忌返回武當，途中經過漢水時救下常遇春，常遇春為報答救命之恩決定帶無忌去蝴蝶谷找胡青牛醫治，而同時救下的周芷若則由張三豐帶回武當。
　　
 來到蝴蝶谷之后，胡青牛拒絕為無忌醫治，常遇春也拒絕了胡青牛的醫治，無忌與小童對話知道需在毒花林和百草林能找到何首烏、紫河車、大黃制成紫雪寶丹才能救常遇春。如果之前買有裝備的話戰斗就會很容易了，打到需要的物品再回去醫治常遇春，救好常遇春之合他會離開。
　　
 又過了兩年，無忌遇到了紀曉芙等人上門求醫。無忌先為她稍加診治，隨后再去請示胡青牛，胡青牛不治非明教底子，但是無忌會以巧妙的方法套出藥方，隨后在百草里和毒花林里找到藥材桃仙、大黃、五味子、五靈脂、熊膽、玉蜜蜂漿便可讓小童配藥。但是當晚發現有人在藥里下毒，次日與紀曉芙商議后得知是金花婆婆害了這些門派的人，胡青牛得知此事趕去救王難姑，按照胡青牛的藥方救下王難姑就會發生胡青牛講述與王難姑前塵往事的劇情，之后金花婆婆來到，在無忌的幫助下，金花婆婆鎩羽而歸，無忌因此獲得了醫經與毒經。滅絕師太來到蝴蝶谷要紀曉芙去殺楊逍，紀曉芙寧死不從而遭滅絕殺害，她臨終前讓無忌帶著楊不悔去昆侖山坐忘峰找楊逍。

 這時畫面會轉到死亡村莊廢墟，先買一個人參和南星，走過橋的好邊，找到范峰、范子嫣，跟范子嫣說話，對話選項時選擇愿意給他一條人參，這樣長大之后在濠洲城會又遇到武器商人范峰，對話之后張無忌會得到無名護手，這樣最強的護手就到手了。
　　
 再走回去點詹春與蘇習之與他們對話，用南星就給他們解毒，之后會結伴上昆侖山，然后為何太沖的愛妾五姑治病，在房屋邊上打一條蛇得靈脂蘭，治好五姑之后何太沖設宴款待，但是宴席上的酒卻有毒，無忌保護楊不悔逃出了昆侖派，然后去昆侖山后山關琳琳、郭青，他們被人點了穴，選擇救他們后無忌根據胡青牛的醫術所記載來解穴，但是第一次他們只能說話，仍然不能動彈，再對話了解被點穴原因，選擇繼續解穴就能得到四象拳秘籍。走出昆侖派大殿再到昆侖山山腳下何太沖夫婦會來追殺，這時楊逍會出手相救，楊家父女團聚，無忌離開昆侖山。

 來到昆侖山山下城鎮之后換上牛皮鞋、狂擊手套和金織頭冠，找到小孩廖勝先，對話之后會新增尋找千年雪蓮、千年雪參的任務，無忌進入下方的區域進入亂石地形，無忌會發現自己迷路了，前進到劇情時會打倒幾條狗救下小猴子，之后無忌會受傷昏倒，到醒來后發現身在朱武連環莊的仆奴丫鬟房間，去大殿見到衛壁和武青嬰前來拜年，隨后無忌偷聽朱九真等三人的談話，但卻因為笑出聲而被迫與衛壁動手，獲勝后朱長齡前來維護無忌，次日假冒金毛獅王的人來朱武莊生事，無忌將其識破并說出自己的真實身份，并約好與眾人一起準備前往冰火島，某日晚朱九真將小張無忌點穴之后，到連環莊庭院跟小鳳說話，小鳳會請小張無忌幫她捉十條蛇，話說完之后直接傳送到森林地形，打死十條蛇之后，會回到庭院，跟小鳳說完話之后會得到鐵制手套，之后跟蹤朱九真發現了他們欲借無忌之手奪取屠龍刀的陰謀，無忌被迫在大殿與朱長齡決戰，在逃離朱武莊時與朱長齡一起跌落懸崖。
醒來后無忌身在驚神峰山谷，打倒白猿為其醫治發現肚了里的《九陽真經》，之后無忌就長大了，這時再與白猿對話，然后再去另一邊再找白猿，點擊前面的石塊就會發現金織靴、象牙戒指、金錢500，之后再去找朱長齡，但是無忌卻被朱長齡設計摔斷了雙腿。

 畫面一轉，蛛兒來了，與她談完話后，何太沖一行人來找蛛兒尋仇，無忌暗中出手擊退眾人。就在蛛兒要帶無忌離開村莊的時候卻遇到了滅絕師太，滅絕將二人帶到了大漠，在滅絕與明教的交手中，無忌挺身而出接下滅絕三掌，但是蛛兒卻被韋一笑擄走，無忌趕緊追了上去，這里有很長的一段路程，途中會經過六大派再加明教五行旗的地圖，在這里不能貪多，打一會兒就去昆侖山壁道存檔，最好去打少林派，因為錢多，不像峨嵋派，窮得不像樣，話說回來，少林一個個都是大款來著，不僅有200多的錢，并且有汲水長衫，汲水鞋等現時不錯的裝備，還有寒冰（510攻），穿云劍（510攻），青宏劍（570攻）等不錯的武器，可以買個好價錢，為在中期大都城買裝備作準備。

 走到大漠邊緣沒追到韋一笑卻在見到了布袋和尚說不得，之后無忌被他裝入乾坤袋帶去了光明頂議事廳，明教眾人因為言語不和發生武功爭斗，所有人均被成昆偷襲，無忌出手擊傷成昆，并追著他進入了明教東庭院，然后進入楊不悔的房間見到了她和小昭，楊不悔趕去了議事大廳，而無忌與小昭繼續追成昆進入了秘道，兩人中了成昆的陷阱。在尋找道路的時候無忌在練功室獲得了乾坤大挪移心法，練不練無所謂，用處不大，非常難練，并且威力和實際并不符合，上面寫的是防加65-75，實際卻只有30，并且持續時間超短。之后進入四個不同的房間內才能走出去，光明頂密道32個房間對應如下（順序由上而下）：
少陰主間 少陽主間 太陰主間 太陽主間
訟之間：5號門 無妄之間：2號門 旅之間：4號門 中孚之間：6號門
姤之間：4號門 同人之間：1號門 否之間：7號門 大有之間：9號門
困之間：4號門 屯之間：7號門 蹇之間：1號門 小畜之間：4號門
鼎之間：1號門 噬嗑之間：0號門 謙之間：8號門 泰之間：1號門
解之間：2號門 復之間：5號門 豫之間：5號門 覆之間：0號門
師之間：7號門 既濟之間：6號門 遯之間：6號門 夬之間：8號門
井之間：8號門 離之間：9號門 艮之間：9號門 干之間：9號門
坎之間：9號門 明夷之間：4號門 坤之間：0號門 歸妹之間：7號門

 需要說明的是要把房間里的骷髏會部消滅了，門才能打開，如果走錯了，會在原房間不變，但不需要消失里面的骷髏可以直接開門了，小心火骷髏，噴一下就費你200+的血，有必要使用一陽指干掉他們。在訟之間滅掉癲狂骷髏，小昭就會告訴無忌離開的方法，按照小昭的提示最后會進入大石室，無忌推開石門即可離開。趕到圣火壇發現六大派已經開始與明教開戰，無忌出手與六大派高手一一對戰，勝利后在光明頂議事大廳無忌被推舉為新的教主。這時忽然得報有大量敵人來犯，因為明教此時元氣大傷，無忌令所有人全部退入密道內。

 進入密道內需要取得三份藥，楊逍需要10份清心散（沒藥+南星+肉干=清心散），而鷹王需要要份烈火丹（大蒜+鹿茸+月餅=烈火丹），然后再與鷹王對話，得到鷹爪摛拿手秘籍，再與烈火旗主辛然對話，他需要三個生龍骨，七個白芷，八個桃仙，這些材料都可以在睽之間打到，等把材料交給辛然后，會有報告說楊逍找你，先不要去找楊逍，與跟巨木旗主聞蒼松談話，會被告知下毒事件發生，找吳勁草和唐洋談話，知道蝠王追蹤可疑的人進入密道中，于是進入睽之間的六號門密道去找蝠王，進去后發現來到了練功室，來到楊頂天夫婦骨骸前，此時小昭會出現，跟小昭一陣對話之后，兩人對墳墓跪著一拜，周圍突然一陣震動，張無忌發現被藏起的巨闕劍（240攻），再往前走，碰到韋一笑被天、地、風、雷自門眾四人包圍攻擊，出手相助，兩人勝利之后，詢問之下，發現成昆可能沒死的消息，有點吃驚，得到孔雀膽，解決光明頂之危機過后，無忌與楊逍父女，以及無散人一同前去冰火島迎接謝遜。

在山下眾人遇到了受傷的殷梨亭，看似被少林武功所傷。查尋真相時眾人被請入綠柳山莊，在眾人覺得不對勁而離開山莊途中全部中毒，無忌回山莊找趙敏索取解藥時困在了地下迷宮內，在迷宮一層發現一元兵說有四個人在搶刀，都瘋了，到了四層打敗這四個瘋僧得到鬼頭刀，不過注意要直接走到中間，不要去右邊因為趙敏在右邊，如果去的話就完在不了四瘋僧的任務了，刀本身沒什么，但主要為了完成任務。去右邊找到趙敏，發生劇情后，無忌帶著解藥救下教眾，返回山莊時卻發現山莊已經被燒毀。隨后眾人來到少林，在少林寺內18座羅漢像后發現“先誅少林、后滅武當、唯我明教、武林稱王”16個字，無忌知道武當定會遭人襲擊，趕緊率眾人一起趕去武當山。
　　
 在途中經過漢水渡口南的時候，找到商人萬吉，給他5000買到殘劍瑤光，來到武當山山下城鎮找殘劍人談話，殘劍人會要求張無忌幫他找七把殘劍回來給他，這樣殘劍任務開啟，跟傅富橋說話，傅富橋會請你幫他到少林寺借取百辟寶刀，與神秘劍客對話，對完話他會消失，在武當山下韋一笑獨自抵擋攔路之人，而無忌先行進入了武當山化裝成了一小道童，張三豐受到空相偷襲而受傷，礙于形勢張三豐將太極拳傳授給俞岱巖，隨后在大廳見到了趙敏一行人，無忌以武當弟子身份出手擊退三大高手，之后為得到黑玉斷續膏而要前往少林，與不悔對完話后，在武對山下找到毛啟西、江紅，對話之后再到武當山山腳找兩人對話，發生戰斗，戰勝之后得到虎爪絕戶手秘笈。
　　
 少林寺山下城鎮，再與神秘劍客對話，無忌會被他劃傷，就是屏幕血紅了一下，然后他再次消失，發現一個蒙古兵，對話選擇跟蹤他，擊敗百夫長就可以得到黑玉斷續膏，回到武當才知道這黑玉斷續膏是假的，殷梨亭與俞岱巖雙雙出現中毒現象，趙敏此時出現，以要求張無忌答應自己三件事為條件來換取黑玉斷續膏，無忌應允。
　　
 在武當大廳朱元璋與徐達兩人會來報告消息說六大派諸人被囚于大都城萬安寺，來到漢水渡口南漢水渡口南遇到反元義軍三人，跟劉淼炎、馬驫虤等對話，再到漢水渡口北，再經過河岸森林到蝴蝶谷口看見徐達和朱元璋，跟朱元璋對話完之后，得到陰陽袍。來到少林寺山下城鎮，然后進入警戒區域，注意先不要警戒區域內停留，一路跑過去，先不要進入西城的喜來客棧，大都西城跟商人蔡生豐說話，要求到萬安寺迷宮十六樓打敗元軍千夫長；在大都城北遇到西域商人，交談后，會問主角要不要接受交換物品的買賣，選項擇是，尋找蒙古大刀（可以從元兵身上打到）和辟邪項煉（可以在萬安寺得到）；在大都城東附近遇到小助子，小助子會要求幫助他找到玩捉迷藏的六個人，選擇是就開始游戲：文子在大都北城，瑩子在大都北城，小斌在大都東城，小宴在大都西城，小寶在大都南城，沅沅在大都南城所有的人都被找到之后，回到大都東城附近找小助子，得到收魂丹；大都城東的藥鋪，跟藥店大夫對話，對話選擇愿意，藥店大夫要主角獵捕到大都城附近特有的毒蛇、雪原的狼、和漢水渡口附近的熊身上被藏起的二十支靈芝、十五支何首烏、和十朵醉仙靈芙。

 然后再來到西城喜來客棧，當夜發現有人窺探，原來是逍遙右使范遙，追蹤他并打敗他后他告知眾人武林各派人士均身中十香軟筋散之毒，而解藥則在玄冥二老身上。返回客棧時遇到了趙敏，無忌答應帶趙敏前去冰火島看屠龍刀。走出客棧，萬安寺方向傳來信號，無忌趕了過去，進入塔內按照6、8、10、12、14、16樓的順序救下被關的武林人士。在四樓練劍廳得追魂刀法，在11樓或12樓中間（不太確定，應該是12樓）得到千手如來，13樓或者14樓中間得到瘋魔棍法，走到迷宮第二層最右邊處聽到范遙正要誅殺一名元兵，對話后給張無忌一枚琉璃戒指，到迷宮第九層中間偏左處時，遇到范遙抓住一位元弩兵過來，對話之后將戒指給他，失去3500兩，得到寶藏的情報，接著到十四樓最南方，在樓梯處下方欄桿附近，得到殘劍天璣，如果想完成殘劍任務，一定要完成此劇情，并且萬安寺大火后就無法完成了， 16樓先到中間打敗元千夫長，再進休息間發現滅絕的時候，這個老尼姑怎么也不肯要無忌的解藥，無忌施激將法讓滅絕服下解藥，隨后擊敗玄冥二老后無忌帶眾人上到塔頂。滅絕因為不肯接受無忌恩惠而被玄冥二老所殺。塔的火勢興起，擊敗玄冥二老后，明教因為救下眾門派而得以與武林正道化敵為友。 
　　
 無忌來到客棧找趙敏，爾后聽到峨嵋派的哨音，找蔡生豐對話，得到獺尾龜背銀，到大都西城的武器店，此時跟老板買下紫檀木劍，或是身上有紫檀木劍，店老板會請張無忌留步，再跟他對話一次，武器店老板會要求張無忌幫忙，在對話選項選擇愿意幫助武器店老板，老板會請張無忌到大都東城找書生常尚氆。找到書生常尚氆之后跟他對話，他說到漢水渡口跟少林寺范圍交界的河岸，尋找山賊找回武器店老板被劫的貨物，先不要去，反正總要到少林武當去的。

 趕去南城發現原來是丁敏君要與周芷若爭奪掌門之位而起爭執，金花婆婆出現后周芷若為救峨嵋服下毒藥，趙敏覺得事有蹊蹺而跟隨在一行人之后，在大都城南遇到六合高人，對話之后有三個選項，給他＄5000，老人會約張無忌在跟太極有關系的地方見面，去大都城北找西域商人，給他蒙古大刀和辟邪項鏈，得到滿天花雨，找到黃彪，對話之后選擇接受，會聽到有關骷髏的情報，得到野地鬼魅任務，進入戰場地形，濠洲城前的戰場地形地圖右上角帳棚附近，戰場會出現一位男子要求戰斗，戰斗勝利之后，選擇殺了他，再與劍客戰斗，劍客身亡，到了濠洲，找關琳琳或是郭青談話，就會得到虎豹龍蛇丹（最大HP加10），找到武器商人范峰，對話之后會得到無名護手。
　　
 然后進入平地村莊，走幾個圖后會出現岔路口，選擇右下的出口就到了港口，金花婆婆的目的地是冰火島，但是中途卻轉向了靈蛇島。果然，謝遜已經被金花婆婆帶到了靈蛇島上。謝遜在解決了丐幫陳友諒的偷襲后，金花婆婆想借其寶刀對抗倚天劍。無忌在殷離要被金花婆婆偷襲時出手相救，就在無忌與金花動手之時，波斯三使來到，命謝遜殺了金花，一番功夫擺脫了波斯三使的追擊，回到船上檢查殷離與趙敏的傷勢，就在無忌與謝遜相認之時，波斯人再次追到，所幸有濃霧出現讓讓眾人逃離了追殺。這時候謝遜道出了金花婆婆是紫釤龍王黛倚絲之事。 
　　
 不久波斯人追了上來，戰斗之后無忌抓了對方的常勝王，要求波斯以黛倚絲作為交換條件。之后波斯抓住蛛兒要挾，小昭決定回波斯明教接任明教教主一職。

小昭走后，眾人到了一無人島上。某日之后趙敏與倚天劍、屠龍刀失蹤，殷離遭到殺害。在無忌心痛之際在謝遜的說合下與周芷若定下了婚約。數日后有船來島上接眾人返回中原，無忌等人察覺此事可疑，將元將殺死后乘船返回中土，畫面轉到了遼東海岸，經過高地草原來到安平鎮，打聽之下才知道先自己一步的謝遜和周芷若被丐幫的人帶走，然后經過下右口從安平鎮郊外到彌勒廟，然后聽到陳龍諒等人的對話，然后趙敏出現，見趙敏有危險無忌救出她，兩人又偷聽他們對話，得知丐幫欲借宋青書之手加害武當，于是兩人決定前往武當報信。跟安平鎮藥品店跟老板說話，老板要求張無忌找到續心散之后才會做生意，拿到續心散之后在去找老板，老板會送給張無忌君子劍和淑女劍，進入雪原地形到達雪嶺，進入雪嶺洞穴時無忌碰到了宋遠橋、俞蓮舟、張松溪和殷梨亭，為了避免產生誤會，無忌和趙敏決定先行回避，但是在雪嶺山壁洞穴發現了莫聲谷的尸體。趙敏出去引開了眾人，等無忌處理尸體后趕過去找到了身受重傷的趙敏。這時宋遠橋等人返回發現了莫聲谷的尸體，擊敗四人后宋青書、陳友諒等人來到。他們的對話正好幫無忌解了圍。畫面轉到了安平鎮，無忌決定去救周芷若而將趙敏留在了旅店內。 
　　
 然后再來到雪嶺，遇到連管家、馬夫老宋，對話之后選擇幫助他們，進入雪原草地，來到少林寺山下城鎮，看到四個丐幫弟子圍住兩個小和尚明空和明法，跟小和尚對話之后，選擇幫助他，就會跟四位丐幫四袋、五袋第子起爭執，被傳送到河岸地形戰斗，戰斗勝利之后回到城鎮，兩位小和尚會跟張無忌約在少林寺山腰見面，主角到少林寺山腳，又遇到丐幫五袋弟子、四位丐幫四袋弟子要報仇，傳送到河岸地形戰斗，戰斗勝利之后，回到山腳，走到少林寺山腰，找小和尚明法講話，明法請張無忌把三寸斷魂轉交給丐幫，說明誤會原委，張無忌會得到三寸斷魂一支，汲水巾冠一頂進入少林寺內部，在達摩堂內部神像右邊的小寶塔附近找到百辟寶刀；少林寺藏經閣十次之后，會出現少林棍僧等三人，對話選擇要留下來，立即進入戰斗，戰勝之后，達摩堂主持會出現規勸張無忌離開，對話選擇留下來，進入戰斗，打贏老僧，得到大力金剛掌秘笈、達摩棍一根。然后進入警界區域，從少林寺出發第六張地圖遇到嗜血金骷髏，打敗它之后（會有血紅滿屏的顯示）再回到第三張地圖（按少林）打敗金骷髏王，無忌得到殘劍玉衡。

 再回到少林寺山下城鎮，經少林與漢水渡口南的河岸地形的時候，打敗特定的十位山賊之后，山賊王會在河岸地形出現，打敗山賊王之后的得到老板被搶的貨物，再來到武當山下城鎮，與找曹公壽說話，得到巖地異象的任務，到亂石地形會開始遇到火骷髏，從武當山城鎮出發第四張亂石地形地圖會遇到嗜血火骷髏，打敗他之后，火骷髏王會在隔壁地圖出現，打敗火骷髏王得到殘劍天璇。

 來到盧龍鎮，到鎮北跟王家康談話，王家康會要求張無忌幫他把被山賊搶走的家傳項煉找回，對話選擇愿意幫助他，在從盧龍被鎮出發的第七張平地村莊地圖，打敗山賊頭目，取得家傳項煉，將項煉交給王家康，張無忌得到寶石項煉、天龍麟甲。無忌潛入丐幫卻只找到周芷若而沒找到謝遜，丐幫長老稱謝遜已先行離開。無忌擊敗史火龍，但是陳友諒卻抓了周芷若，隨后黃衣女子趕來揭穿了史火龍的假身份，將三寸斷魂交給執法長老，執法長老為了感謝張無忌，張無忌會得到玄武袍。

 隨后無忌經過平地村莊達到港口，接受尋找太極劍一把、清風冠一頂、五行靴一雙、正氣袍一件、虎骨十個的任務，來到豪洲的明教分舵，把周芷若交給明教照顧后無忌一人前往大都城察探謝遜的下落，來到喜來客棧里無忌見到了趙敏，之后發生劇情無忌與周芷若成婚。就在婚禮上，趙敏出現，以金毛獅王的頭發要挾無忌，無忌在盧龍鎮追上趙敏，得知謝遜在少林寺，趙敏欲帶無忌前去謝遜的關押地，但是中途卻被趙敏的哥哥誤會而不得已要與神州八騎（盡量先跑開，然后用一陽指慢慢干掉）開戰，擊敗這些人后汝陽王出現，在趙敏以死相逼下汝陽王只得讓二人離去，這時趙敏這時帶著無忌向囚禁謝遜的少林寺而去，經過亂石地形到武當鎮，然后到漢水渡口北，遇到韋肇仁，對話選擇是，會知道有水骷髏出現在附近的情報，進入河岸地形、河岸森林、河岸草原會遇上水骷髏兵，打敗從少林寺出發的第一張河岸地形地圖的嗜血水骷髏，然后到從武當山城鎮出發的第一張河岸草原地圖打敗水骷髏王，張無忌得到殘劍開陽。來到少林鎮，遇到武當道長孫桓真，對話之后選擇接受，會得到去武當山找張三豐的指示，一進入到紫霄殿內殿，張三豐會給之張無忌“真武七截陣”的試煉，張無忌要挑戰武當四俠，通過后，武當四俠會告訴張無忌，張三豐在他閉關的地方等張無忌，到武當山后山的張三豐閉關處，和張三豐說話，得到麒麟刀（800攻）；張無忌在武當山山腳遇到六合老人，對話之后，老人會約張無忌在何足道哉的山下見面。

小昭走后，眾人到了一無人島上。某日之后趙敏與倚天劍、屠龍刀失蹤，殷離遭到殺害。在無忌心痛之際在謝遜的說合下與周芷若定下了婚約。數日后有船來島上接眾人返回中原，無忌等人察覺此事可疑，將元將殺死后乘船返回中土，畫面轉到了遼東海岸，經過高地草原來到安平鎮，打聽之下才知道先自己一步的謝遜和周芷若被丐幫的人帶走，然后經過下右口從安平鎮郊外到彌勒廟，然后聽到陳龍諒等人的對話，然后趙敏出現，見趙敏有危險無忌救出她，兩人又偷聽他們對話，得知丐幫欲借宋青書之手加害武當，于是兩人決定前往武當報信。跟安平鎮藥品店跟老板說話，老板要求張無忌找到續心散之后才會做生意，拿到續心散之后在去找老板，老板會送給張無忌君子劍和淑女劍，進入雪原地形到達雪嶺，進入雪嶺洞穴時無忌碰到了宋遠橋、俞蓮舟、張松溪和殷梨亭，為了避免產生誤會，無忌和趙敏決定先行回避，但是在雪嶺山壁洞穴發現了莫聲谷的尸體。趙敏出去引開了眾人，等無忌處理尸體后趕過去找到了身受重傷的趙敏。這時宋遠橋等人返回發現了莫聲谷的尸體，擊敗四人后宋青書、陳友諒等人來到。他們的對話正好幫無忌解了圍。畫面轉到了安平鎮，無忌決定去救周芷若而將趙敏留在了旅店內。 
　　
 然后再來到雪嶺，遇到連管家、馬夫老宋，對話之后選擇幫助他們，進入雪原草地，來到少林寺山下城鎮，看到四個丐幫弟子圍住兩個小和尚明空和明法，跟小和尚對話之后，選擇幫助他，就會跟四位丐幫四袋、五袋第子起爭執，被傳送到河岸地形戰斗，戰斗勝利之后回到城鎮，兩位小和尚會跟張無忌約在少林寺山腰見面，主角到少林寺山腳，又遇到丐幫五袋弟子、四位丐幫四袋弟子要報仇，傳送到河岸地形戰斗，戰斗勝利之后，回到山腳，走到少林寺山腰，找小和尚明法講話，明法請張無忌把三寸斷魂轉交給丐幫，說明誤會原委，張無忌會得到三寸斷魂一支，汲水巾冠一頂進入少林寺內部，在達摩堂內部神像右邊的小寶塔附近找到百辟寶刀；少林寺藏經閣十次之后，會出現少林棍僧等三人，對話選擇要留下來，立即進入戰斗，戰勝之后，達摩堂主持會出現規勸張無忌離開，對話選擇留下來，進入戰斗，打贏老僧，得到大力金剛掌秘笈、達摩棍一根。然后進入警界區域，從少林寺出發第六張地圖遇到嗜血金骷髏，打敗它之后（會有血紅滿屏的顯示）再回到第三張地圖（按少林）打敗金骷髏王，無忌得到殘劍玉衡。

 再回到少林寺山下城鎮，經少林與漢水渡口南的河岸地形的時候，打敗特定的十位山賊之后，山賊王會在河岸地形出現，打敗山賊王之后的得到老板被搶的貨物，再來到武當山下城鎮，與找曹公壽說話，得到巖地異象的任務，到亂石地形會開始遇到火骷髏，從武當山城鎮出發第四張亂石地形地圖會遇到嗜血火骷髏，打敗他之后，火骷髏王會在隔壁地圖出現，打敗火骷髏王得到殘劍天璇。

 來到盧龍鎮，到鎮北跟王家康談話，王家康會要求張無忌幫他把被山賊搶走的家傳項煉找回，對話選擇愿意幫助他，在從盧龍被鎮出發的第七張平地村莊地圖，打敗山賊頭目，取得家傳項煉，將項煉交給王家康，張無忌得到寶石項煉、天龍麟甲。無忌潛入丐幫卻只找到周芷若而沒找到謝遜，丐幫長老稱謝遜已先行離開。無忌擊敗史火龍，但是陳友諒卻抓了周芷若，隨后黃衣女子趕來揭穿了史火龍的假身份，將三寸斷魂交給執法長老，執法長老為了感謝張無忌，張無忌會得到玄武袍。

 隨后無忌經過平地村莊達到港口，接受尋找太極劍一把、清風冠一頂、五行靴一雙、正氣袍一件、虎骨十個的任務，來到豪洲的明教分舵，把周芷若交給明教照顧后無忌一人前往大都城察探謝遜的下落，來到喜來客棧里無忌見到了趙敏，之后發生劇情無忌與周芷若成婚。就在婚禮上，趙敏出現，以金毛獅王的頭發要挾無忌，無忌在盧龍鎮追上趙敏，得知謝遜在少林寺，趙敏欲帶無忌前去謝遜的關押地，但是中途卻被趙敏的哥哥誤會而不得已要與神州八騎（盡量先跑開，然后用一陽指慢慢干掉）開戰，擊敗這些人后汝陽王出現，在趙敏以死相逼下汝陽王只得讓二人離去，這時趙敏這時帶著無忌向囚禁謝遜的少林寺而去，經過亂石地形到武當鎮，然后到漢水渡口北，遇到韋肇仁，對話選擇是，會知道有水骷髏出現在附近的情報，進入河岸地形、河岸森林、河岸草原會遇上水骷髏兵，打敗從少林寺出發的第一張河岸地形地圖的嗜血水骷髏，然后到從武當山城鎮出發的第一張河岸草原地圖打敗水骷髏王，張無忌得到殘劍開陽。來到少林鎮，遇到武當道長孫桓真，對話之后選擇接受，會得到去武當山找張三豐的指示，一進入到紫霄殿內殿，張三豐會給之張無忌“真武七截陣”的試煉，張無忌要挑戰武當四俠，通過后，武當四俠會告訴張無忌，張三豐在他閉關的地方等張無忌，到武當山后山的張三豐閉關處，和張三豐說話，得到麒麟刀（800攻）；張無忌在武當山山腳遇到六合老人，對話之后，老人會約張無忌在何足道哉的山下見面。

下面都是一些支線情節，如果沒有馬車功能會麻煩一些，先來到蝴蝶谷，途中可完成大都城藥店老板的任務，再到五毒百草林，來到死亡廢墟村莊找紫薇對話，他會告訴你森林廢墟有骷髏出沒的情報，在第四張森林廢墟地圖會找到嗜血木骷髏，打敗嗜血木骷髏后再到第二張森林廢墟地圖打敗木骷髏王，就會得到殘劍天樞，經森林廢墟來到昆侖鎮，把千年人參和千年雪蓮交給廖勝先得到黯然銷魂掌秘笈，找到神秘劍客與之對話，再到昆侖山山腰找到六合老人，對話之后會得到滅劍秘笈、飄雪穿云掌秘笈、大風云飛掌秘笈，劇情結束。在昆侖山壁遇到龐信安、龐信華、龐愛萍，龐信安向張無忌求救，選擇幫助，張無忌有四個選擇：
1. 選擇救小孩，劇情結束。
2. 選擇救大人，劇情結束。
3. 去找另一株青陀羅花
4. 讓我再想想
連續選擇第四個選項三次，會出現新對話選項5：
5. 我想到一個好方法了！
選擇第五個選項，得到兩份乳香、桃仁，主角必須將乳香、桃仁、五靈脂煉制成為二仙清心丹，再跟大叔談話，兩人就可以同時救活了，劇情結束，得到六陽正氣丹、玉龍蘇合散、大還丹。

 經過大漠再來光明山山腳下找到辛志雄父子，會聽到大漠有詭異的事發生。進入大漠之后，大漠中的敵人全變成土骷髏，在從光明頂山腳進入大漠的第十一張大漠地圖打敗嗜血骷髏，此時從光明頂山腳進入大漠的第二張大漠地圖的土骷髏王會現身，打敗土骷髏王之后，張無忌得到殘劍天權，至此七把殘劍收集完成，進入死亡廢墟，死亡廢墟擠滿金、火、木、土、水骷髏，和金、火、木、土、水五骷髏王，打敗所有的骷髏王之后，得到骷髏戒指、鬼神戰靴。

 回到武當，把殘劍交給殘劍人，然后到大都西城找武器店老板，老板會送給張無忌疾風刃，趙敏會給張無忌玄虛刀法，如果完成了藥店老板的任務，去找他，張無忌得到活血丹、孔雀膽；去大都西城的喜來客棧，將藥交給裨女秀蓮，得到靈芝、人參，然后再到濠州，找到神秘劍客，對話之后得到獨孤九劍劍譜、紫薇軟劍一把、紫薇草履、紫薇長衫。

 回到少林，經武當到盧龍鎮，在盧龍鎮北找到八袋長老張獨正，他會告訴張無忌那位黃衫女子的下落，經平地村莊去港口，把物品交給西域商人得到飛燕，然后再去彌勒佛廟那邊找到黃衫女子，得到降龍十八掌秘笈、打狗棒秘笈，最后去昆侖鎮找到西域商人，得到白鳳玉冠，至此任務全部完成。
少林寺下見到了易三娘和杜百當，隨后無忌和易三娘上少林，少林寺東廂房跟小和尚智圓說話，智圓會請張無忌幫他找尋紫檀念珠，在藏經閣一樓柱子底下找到后到大雄寶殿后院交給小和尚，智圓會送給張無忌降龍棒，來到達摩堂，聽到了空聞、空智與圓真的對話，這才知道少林要開屠獅大會。無忌跟隨圓真來到謝遜的關押地，在圓真離開后無忌現身欲求三位神僧釋放謝遜，打敗三個老家伙后無忌想趁有人前來偷襲引起騷亂時救走謝遜，但是謝遜卻固執地留了下來。 
　　
 無忌見到趙敏向她說了事情經過，返回山下時發現杜百當與易三娘被殺，在五行旗信號的指引下，無忌見到了明教教眾，原來此時各門派都已經前來參加屠獅大會。
屠獅大會上，一場明爭暗斗后無忌見到了已經與宋青書完婚的周芷若。大會上圓真的陰謀被揭穿，群雄決定以擂臺戰決定誰來處決謝遜和屠龍刀，無忌兩戰后于一旁觀戰，無忌為了救殷梨亭而被周芷若的九陰白骨爪所傷，晚上無忌前去拜會周芷若，然后卻只得到周芷若的冷言冷語。
　　
 次日，枯蟬林內無忌與三大神僧再戰，謝遜最終由無忌來決定生死，謝遜卻在人群中認出了成昆，成昆與謝遜交手后，謝遜大徹大悟決定皈依佛門。就在此時，五行旗通報有官兵圍剿少林，武林同道此時結盟共同對抗外敵。當夜，枯蟬林內無忌知道了當日在無人島上發生的一切，再與趙敏一起趕去救下被玄冥二老圍攻的周芷若后(打玄冥二老要用眩暈的武功,如四象拳等,戰斗會很容易),趙敏盜得了周芷若身上的九陰真經和武穆遺書。在隨后的大戰中，明教援軍及時趕到擊退了官兵，無忌于慶功宴上將武穆遺書交給了徐達。 
　　
 在群雄離開少林后，宋青書與周芷若的假夫妻身份告白于天下。本來以為死去的殷離卻出現了，無忌等人一起前往枯蟬林尋找殷離，在周芷若的懺悔下，趙敏知曉了當日的一切，而殷離也現身了，剩下的就是結局了。