故事劇情是發(fā)生在1961年-1968年之間，玩家除了有一關(guān)是Reznov的回憶之外，另外的故事主線劇情基本都是Reznov與Dimitri這兩個人物來并肩作戰(zhàn)，玩家主要的故事劇情是集中在1945年。

背景

二戰(zhàn)后期，帝國（納粹德國）意識到戰(zhàn)敗已成定局，于是開始研究“非常規(guī)方案”，之后代號為nova 6 的研究計劃啟動，由生化博士Dr. Friedrich Steiner帶隊的納粹科學家（其中有一位叫clarke的化學工程師）成功研制出一種毀滅性的大規(guī)模殺傷性毒氣，納粹甚至已經(jīng)計劃好通過V2導(dǎo)彈和毒氣對盟國發(fā)動襲擊，準備先對華盛頓和莫斯科下手。幸運的是在這千鈞一發(fā)的時刻,運載毒氣的貨輪剛巧在北極圈附近被英軍的轟炸機炸擱淺了，更倒霉的是德軍還沒來得及回收毒氣盟軍已經(jīng)攻陷了柏林，大當家（希特勒）自殺了，德國投降，這樣毒氣已經(jīng)沒有存在的必要，德軍曾暗中派遣一支SS黨衛(wèi)軍部隊前往保護擱淺的貨輪，并準備萬一貨輪遭襲擊就銷毀毒氣。但是Dr.Steiner是個有野心的人，他不甘心就這么結(jié)束，暗中聯(lián)系了蘇軍中的某軍官Dragovish（本作頭號BOSS）。于是，蘇軍計劃了一次奧林匹斯行動（operation olympus）。

劇情按時間線編排

1945年10月29日，Dragovish和他的副官Kravchenko（本作第二號boss）帶領(lǐng)蘇軍第三突擊集團軍（3rd shock army）突襲貨輪殘骸，在這次行動中，原5代的蘇軍戰(zhàn)役豬腳Dimitri Petrenko和Viktor Reznov（dimitri就是5代中玩家控制的角色，而Reznov就是那個蘇軍戰(zhàn)役第一關(guān)指導(dǎo)玩家狙擊德軍軍官的那個老頭，之后幾關(guān)也常有露面，嗓門很大的一個家伙）也客串一了下，5代中蘇軍最后一關(guān)，dimitri和raznov攻入柏林帝國議會大廈，dimitri在勝利的最后關(guān)頭中了冷槍最后堅持把蘇聯(lián)國旗插上帝國議會大廈樓頂，之后這兩個老兄剛巧被分配到第三突擊集團軍參加了這次行動。

行動非常順利，在Dragovish、Kravchenko、Dimitri、Reznov的帶領(lǐng)下，蘇軍很快突入德軍內(nèi)部，找到了Dr. Steiner然后順利拿到了毒氣（毒氣沒有被黨衛(wèi)軍銷毀，大概是進攻太快了沒來得及）。這時，Dragovish想試試毒氣威力，同時主要也是為了滅口，將Raznov和Dimitri的部隊逮捕，之后就在那個貨船中，Dimitri在密閉倉里被毒氣毒死，死狀非常慘，而Raznov在剛要被毒死的時候，英軍特種部隊剛好殺到（應(yīng)該是來搶毒氣的），Dragovish和Steiner等人立刻溜了，而Raznov和幾個幸存的弟兄在混亂中從英軍和蘇軍中殺了出來，并成功將貨輪炸沉，這樣英軍沒有獲得毒氣(大概也不知道有這玩意兒)，但是Dr. Steiner還活著，毒氣并沒有完全消失。之后Raznov不知什么原因被蘇聯(lián)抓獲，關(guān)在了vorkuta勞改所。

1961年4月17日，美國對古巴發(fā)動豬灣行動，歷史上真有這次行動，不過游戲中的劇情和歷史完全不同，CIA特工Mason（本作豬腳）和隊友woods、bowman奉命刺殺Fidel Castro（古巴GCD第一主席）。行動非常順利，三人順利殺入古巴軍內(nèi)部，Mason親手殺死Castro，woods還上前補了好幾槍，之后三人順利登上逃亡的飛機，但是在飛機在跑道上啟動時，Mason看到敵人有大量裝甲車和防空炮趕來，毅然跳下飛機利用路邊的一座防空炮消滅敵人大量裝甲車，之后隊友的飛機順利起飛并逃走，而Mason被古巴GCD抓走。之后Mason醒來，發(fā)現(xiàn)自己在某海邊，旁邊有一艘寫有RUSALRA的大貨輪（這實際上就是Dragovish發(fā)布廣播的秘密通訊基地），而Castro竟活生生站在自己面前，另外還有Dragovish和Kravchenko！通過他們的談話得知Castro早已知道CIA的刺殺計劃，Mason他們殺死的那人只不過是個替身，之后Castro將Mason當做“禮物”交給Dragovish，并請Dragovish折磨Mason。之后Dragovish和Dr.Steiner似乎有另一個秘密研究，他們將某些犯人進行洗腦，讓其為自己服務(wù)。由于Mason本就是CIA特工，很適合拿來作殺人工具，他們對Mason實施了洗腦，灌輸了刺殺美國總統(tǒng)肯尼迪的命令！同時還在Mason大腦里植入了一套密碼破譯程序！但是Mason不是普通人，他有超強的意志，對他的洗腦失敗了，于是Dr. Steiner放棄了Mason，將他發(fā)配到vorkuta勞改所。

Mason來到了vorkuta，之后他遇到了Raznov，并和其成為了好朋友。Raznov一心想要報仇（Dragovish不止一次背叛他，而且Dimitri的仇當然也要報），但是憑他自己似乎實力不足，然后他發(fā)現(xiàn)Mason身手不凡，于是計劃讓Mason幫忙，奇怪的是Raznov對洗腦的事情竟然也知道一些，他偷偷的對Mason灌輸了：“Dragovish、Kravchenko、Steiner都必須死！”這么個思想，而且他成功了（真扯淡，不過也可能是因為Mason和他是好友的關(guān)系，反正他的洗腦成功了）。之后他計劃將Mason送出去。而Mason自己對于被洗腦的事情一點都不知道，而且他的大腦在洗腦中似乎有損傷，之后他在執(zhí)行任務(wù)的時候經(jīng)常會產(chǎn)生幻覺，認為Raznov在和他一起戰(zhàn)斗，其實那時候Raznov老早死了。

1963年10月6日，Raznov領(lǐng)導(dǎo)其他勞工發(fā)動了計劃好的暴亂，混亂中大量勞工被殺，Mason和Raznov并肩作戰(zhàn)，最后成功殺了出來（其中有駕駛摩托車的逃亡的部分，那個散彈槍單手填彈的動作真TM帥），最后Raznov成功送Mason跳上路過的一列貨運火車，而他自己為了讓Mason能成功脫身而駕駛卡車朝另一個方向開去以吸引追兵的注意。之后Mason成功逃出，而在后來Hudson的分析中得知Raznov自己沒成功，在這次逃亡中被殺死了。之后劇情中Raznov經(jīng)常會在關(guān)鍵時刻出現(xiàn)幫助Mason，那實際上都是Mason的幻覺。

一個月后，1963年11月10日，Mason回到了五角大樓，在通過忠誠測試后，又重新成為CIA特工，Jason Hudson成為了他新的handler（這個不知道怎么翻譯，如果你玩過細胞分裂，那個蘭伯特就是費舍的handler）。肯尼迪總統(tǒng)親自召見了Mason，給了他一個刺殺Dragovish的任務(wù)，Mason當然接受了任務(wù)。

一周后，1963年11月17日，CIA實施了閃電行動，幾名特種部隊戰(zhàn)士（Woods、Mason、Bowman、Weaver、Brooks）襲擊了蘇聯(lián)的baikonur太空基地，任務(wù)包括：破壞蘇聯(lián)的遠程導(dǎo)彈（火箭），消滅蘇聯(lián)激進分子（包括Dragovish）以及一些投降蘇聯(lián)的納粹科學家，Weaver在這次行動中被弄瞎了一只眼，最后眾人殺到火箭控制臺卻發(fā)現(xiàn)控制臺壞了，無法停止發(fā)射遠程導(dǎo)彈（火箭）。但是蘇聯(lián)的科學家想的太周到了，他們早已考慮到萬一有員工不小心發(fā)射了火箭而控制臺剛好失靈無法終止的情況，于是事先在控制臺門口存放了一支火箭發(fā)射器用來把火箭打下來，之后Mason執(zhí)意要找到Dragovish并親手殺死他（被洗腦的后果），但是Dragovish早已逃走。

1968年的1月21日，Mason和Hudson被編入SOG小組到越南調(diào)查蘇聯(lián)暗中在越南行動的證據(jù)，這關(guān)的實際內(nèi)容和劇情沒多大關(guān)系，Mason他們剛到剛好碰上北約GCD大舉進攻，于是突突突了一把。。。最后還遇到了Bowman。

2月2日，美軍并沒有找到蘇聯(lián)介入越南戰(zhàn)爭的證據(jù)，同時美軍在越南已經(jīng)面臨失敗，但是SOG并不愿意放棄，毅然空降到混亂的hue city尋找證據(jù)，在某幢大樓里，Mason找到一份檔案，竟然是關(guān)于nova計劃的！之后眾人突突突，然后回家了。

一周后，2月9日，通過對文檔的研究，CIA發(fā)現(xiàn)了其中一個線索：化學工程師Clarke，很快CIA便確認了Clarke的地址：香港九龍！于是Hunson和Weaver便被派到香港九龍抓住Clarke并審問，Clarke說出了Dr. Steiner及其實驗室的地址，但是沒等Clarke說出更重要情報，蘇聯(lián)特種部隊殺到了。Hudson和Weaver畢竟是特種部隊的人，非常強悍的拔槍就打，但是更強悍的是Clarke！這家伙竟然早有準備，釋放了事先布置好了毒氣（他竟然也有毒氣、、、），蘇軍特種部隊頓時死了好多，然后Clarke帶領(lǐng)Hudson和Weaver逃到某小房間里（是的，你沒看錯，是Clarke帶著Hudson和Weaver逃，不是Clarke在前面逃Hudson他們在后面追），然后Clarke打開一個密室，里面竟然是個私人軍火庫，之后三個人拿上武器突突突了一把，途中Clarke說出了一串數(shù)字，但是在他剛要說出這串數(shù)字的含義的時候卻被流彈打中掛了。而Hudson和Weaver繼續(xù)突突突，最后安全撤退。

于此同時，2月9日（和上一關(guān)同一天），根據(jù)之前找到的文檔，CIA懷疑Kravchenko上校（Dragovish的二當家）在越南進行毒氣測試，同時CIA得知Col. Kravchenko在越南北部，于是在越南的SOG小組（Woods、Mason、Bowman三人組）便被派往越北搜尋證據(jù)并除掉Kravchenko，但是他們搭乘的飛機在途中被擊落了，之后反正一路殺過去，最后Mason在越軍的一處洞穴里發(fā)現(xiàn)了Kravchenko的通訊站，但是Kravchenko早已逃走，Mason只拿到些資料。

2月11日，從Hudson那里得到消息說有一架裝載nova 6 毒氣的蘇聯(lián)運輸機在老撾邊境墜毀，于是SOG（Woods、Mason、Bowman）半夜趕往老撾搜尋飛機殘骸，最后發(fā)現(xiàn)殘骸里根本沒有nova，這時隔圈套，之后三人被大量圍攻來上來敵人俘虜。玩到這里順便說下游戲的配樂，本作的配樂本身還算不錯，但是和游戲場景完全不搭配，所以玩著就覺得沒有像現(xiàn)代戰(zhàn)爭2那種帶入感，不過這關(guān)是個例外--開頭一群美軍開著炮艇扛著火箭筒掛著機槍聽著鄉(xiāng)村音樂然后強拆越南民房。。。就像某兄說的“這是怎么樣的一種來福斯代爾....”。

2月18日，CIA竟然沒有組織對Mason他們的營救行動，大概是以為他們已經(jīng)掛了吧，由于之前從Clarke的口中得知了Dr. Steiner以及他的實驗室的地址--烏拉爾山脈的亞曼托山上，于是Hudson、Weaver、Harris、Brooks四人便被派過去搜尋相關(guān)資料并抓捕Dr. Steiner。這次任務(wù)中Harris掉下懸崖犧牲了，其他人最后找到了Steiner的辦公室，但是Steiner并沒在這個基地，整個基地布滿了炸彈和導(dǎo)線。這時Steiner破解了Hudson等人的無線電頻率并聯(lián)系到了他們，Steiner告訴他們Dragovish正在清理所有與nova 6有關(guān)的設(shè)施和人員（nova 6 已經(jīng)研發(fā)完畢Dragovish又要滅口了），他自己也即將遭殃。而且Dragovish在美國布置了大量毒氣倉，只要通過廣播特定的密碼這些毒氣倉就會自動開啟。dragovish將在36小時內(nèi)開始廣播（實際上后來不知為什么毒氣釋放時間推遲了很多，當然也可能是Steiner在這里稍微夸張了一下），只有Steiner知道如何停止廣播，同時他又說了自己所在的基地--咸海的重生島，言下之意就是要美軍去那里救他了。之后Weaver拍了下毒氣倉的布置點，然后大家便殺出基地返回。

2月19日，劇情回到Mason等人這邊，上次被捕后，Mason三人被關(guān)在老撾某處審訊。越共實在太幼稚了，SOG這種美國最精銳的特種部隊，一個人空手殺死十幾個帶槍的民兵那是很可能的，而Mason和Woods在審訊室里連手銬腳鏈都沒有的戴，房間里總共5個人，兩個士兵在后面懶散地坐著，其他三個圍著Mason和Woods審問（Bowman之前由于不配合被那個軍官打死了），而Mason和Woods竟然坐在那里玩俄羅斯轉(zhuǎn)盤（臥槽），大概是不說出情報就要一直玩下去。之后兩人找到機會殺了幾個看守逃了出來。為了報仇，兩人沒有直接走掉，開著搶來的飛機又殺到另一處基地路狂殺，到最里面后竟然發(fā)現(xiàn)Kravchenko就在這里，于是順便把Kravchenko殺了，不過在最后一個Kravchenko拉開手雷并拖住Woods，兩個人最后同歸于盡。這樣最后回到CIA的只有Mason一人。

2月23日，Mason回到總部后也得知了Steiner的地址，由于擔心美國找到Steiner和毒氣后也會想Dragovish那樣不會銷毀毒氣而是用來對付敵人（蘇聯(lián)），當然更主要的原因是他腦子里有“Dragovish、Steiner、Kravchenko都必須死”的信念，所以他一定要親手殺死Steiner（或者親眼看到Steiner死），于是他便獨自前往重生島刺殺Steiner。其實這時候，Hudson等人已經(jīng)在去重生島救Steiner的路上了，不過由于Hudson他們是正面殺入，而Mason是單人從后方潛入，最后Mason稍快幾分鐘，成功殺了Steiner。之后Mason被Hudson等人打暈帶回總部。

接下來就是游戲一開始的時候就出現(xiàn)的審訊室場景了，時間大概是2月25日，幕后審訊者實際上就是Hudson和Weaver。在審訊中經(jīng)常能聽到有人在讀奇怪的數(shù)字，這實際上就是Dragovish的廣播，廣播已經(jīng)開始了！不過釋放毒氣的指令似乎還沒有下達，但危機已經(jīng)迫在眉睫，由于Steiner已經(jīng)死了，沒有人知道Dragovish的廣播站具體位置，而Mason由于之前被植入過密碼翻譯程序，所以只有他有可能翻譯密碼，從而找到廣播站地點。于是為了幫助Mason記起密碼破譯程序，Hudson幫助Mason回憶了這些年來的經(jīng)歷（就是游戲內(nèi)容），但是最后Mason還是沒想起來。直到最后Mason在聽了Hudson說了事情真相之后，仔細聽了一段廣播，想到了一個詞：RUSALRA--這就是1961年Mason在古巴被捕后曾看到的那艘船的名字，而那艘船具體是在古巴某處！

2月26日，CIA很快就找到了RUSALRA的具體位置并對其發(fā)動了攻擊，當Mason等人突入輪船內(nèi)部后，發(fā)現(xiàn)實際上Dragovish在輪船的正下方建了一座秘密水下廣播站，那才是廣播源。這時候Weaver收到消息海軍將在15分鐘內(nèi)炸毀輪船和水下廣播基地，但是Mason堅持要下去親手殺死Dragovish（被Raznov洗腦的后果）。之后Hudson叫Weaver先上去，然后和Mason潛下了廣播基地，最后兩人真找到并殺死了Dragovish，然后二人安全返回海面。游戲結(jié)束。

不過游戲結(jié)束后又出來一段過場，某個播音員仍在那里念那些數(shù)字，廣播還在繼續(xù)？或者廣播站不止一個，還有另一個廣播在在播放密碼？而最后在肯尼迪遇刺的照片上，背景人群里竟然出現(xiàn)了Mason的身影。。。。。。

(全劇終）