第三階段

雅科布

利用衛星軌道檢測出從西格瑪發出的通信信號。
角色建議：選擇艾克斯和艾克賽爾搭檔。
關卡要點：乘坐巨大的升降平臺上去，沿途的小蝦小蟹根本是螳臂當車，輕松解決掉。在最高處遇見維拉。
Boss：維拉
Boss戰技巧：維拉對于玩家而言并非新角色，在前面的關卡中某些房間里你可能與它“巧遇”過多次。初期它會不停地放出光球，你只要不停地沖刺并尋找其中的缺口就可躲開。這之后它會釋放追蹤閃電和地面烈火，剩下1/2血值時會爆發6組閃電網封鎖幾乎整個畫面，并且閃電會有規律地旋轉。掌握其規律，利用空隙沖過去，或者用隱身鞋穿越。蓄積光球可有效打擊它。

月球通道

資料衛星檢測出西格瑪反應。
角色建議：選擇艾克斯和艾克賽爾搭檔。
關卡要點：進入西格瑪宮殿后，和前面的8個Boss再次激戰。注意每次和一名Boss戰斗結束后，馬上收集場景中的戰利品補充血值和裝備。之后宮殿將會發生爆炸，趕緊沿原路退出，在入口處遇見西格瑪。
Boss：西格瑪
Boss戰技巧：當你精疲力竭地和8個Boss再次激戰過后，最關鍵的是需要保證充足的血值，否則面對西格瑪時會非常被動。西格瑪的威力斬傷害極大，可跳到墻壁上躲開，它攻擊力很強勁，全屏攻擊傷害最大。后期會釋放紅色激光令地面著火，這時也只能跳到墻壁上去躲。注意西格瑪的子彈可使用黑洞功夫吸收。

西格瑪神殿

一切都是西格瑪干的壞事，要立即消滅它。
角色建議：選擇杰洛和艾克賽爾搭檔。
關卡要點：降落在月球表面，小心路上的深淵，掉進去就沒救了。進入神殿后遇到維拉的復制版，它駕駛著機器人座駕，比上次遇到要難對付一點。干掉它之后繼續前進，神殿內部出現許多小兵化身的西格瑪幻像，它們都是不經打的紙老虎，這里難度最大的是如何巧妙地跳躍前進，如果身手不夠敏捷的話完全無法通過此處。在最后的大殿里遇見被DNA病毒強化了的西格瑪真身。干掉它后，真正的元兇露明妮現身了，需要打死它兩次才能結束戰斗。 
Boss：維拉復制版
Boss戰技巧：維拉駕駛著機器人座駕時，你就無法傷害到它本身，所以要盡快將它“斬落馬下”。然后對付它的手段就和前面一樣，沒有太多不同，只是這家伙很明顯地增強了不少戰斗力。
Boss：西格瑪終極版
Boss戰技巧：西格瑪簡直就是邪惡的化身，終極版的它比前面那個強化了太多，簡直不可同日而語。它手持一把綠色的巨劍，靠近它就會遭受致命腰斬，遠離它也會受到光圈追擊。選擇杰洛跳到其身后的墻壁上攻擊它，也可讓艾克賽爾浮在半空中打擊它。當其剩下1/2HP后，它可能伸出魔掌將你捏住，趕緊換人脫身吧。當它從天而降猛然斬擊主角時，請趕緊使用沖刺手段進行躲避。最后當它在畫面兩側點起火柱時，記住切勿跳到墻壁上，這樣會受到致命的打擊。
Boss：露明妮
Boss戰技巧：原來邪惡的西格瑪背后還有小女孩一般的露明妮在搗鬼，它的外形柔弱，但是本事決不是泛泛之輩。它周身圍繞著8顆不同顏色的寶石，意味著它將前面8位Boss的功夫全部兼容并蓄，融于一身了。你靜靜地看著它變換著身體的顏色，使出和顏色一致的那個Boss的功夫，除了竭力躲避之外，還發現只有它變成自己本色時你才可正常攻擊。真是可怕的“小甜甜”！當它變成藍色發射出大功率的雷電攻擊時，就是你給予它致命打擊的最好時機。
Boss：露明妮終極版
Boss戰技巧：一次失敗并不能使露明妮徹底完蛋，它還在歇息時對獵人戰隊發動了心理攻勢。當它化身為伸展雙翼的大鳥時，決戰的最后時刻終于到來了！露明妮從半空中俯沖下來發動了第一波攻勢，這很容易躲過。然后就是一輪光波攻擊，各種激光對人的傷害極大，即便小心應付可能也會中招一二。接著就是發射出許多大片的菱形金色羽毛來攻擊玩家，看準這些羽毛的飛行規律，找到空隙跳躍或沖刺還算可對付。突然，不知道魔女使了什么陰招，天色一片昏暗，關鍵時刻到了！如果你不能在半分鐘內結果它的性命，那么最后犧牲的將是正義的獵人。

尾聲

最后階段，艾克賽爾上前查看垂死的露明妮，不料被其暗算，身負重傷。大家思索著剛才露明妮說過的話，發現善與惡、真與假、對與錯并非只是簡單的對立。此次露明妮事件之后，政府決定放棄所有具備復制能力的新智慧型機器人，停止復制芯片的生產。可是，隨著開發宇宙的不斷深入，人們對于更高性能的機器人之需求卻是越來越大。若干年后，這種內在的矛盾讓復制芯片的生產再次被提上日程……