恐龍帝國中，玩家獲得寶石能夠合成、覆蓋以及雕刻，通過合成雕刻，寶石的屬性值會提高，寶石合成分為固定和隨即，有一定幾率寶石會失敗消失。

寶石合成       
1.固定寶石合成： 5顆完全相同屬性的寶石可以合成一顆更高1級的同屬性寶石，有幾率失敗，寶石消失。
2.隨機寶石合成：5顆相同等級的寶石可以隨機合成一顆更高1級的隨機屬性的寶石，有幾率失敗，寶石消失。
        
放入寶石若使用寶石合成符，則可提升寶石合成成功率。

寶石覆蓋
當裝備上鑲嵌的寶石不滿意時，可以選擇使用別的寶石來將這顆寶石覆蓋掉。
前往NPC處打開寶石覆蓋界面，將裝備和寶石放入，再放入寶石魔卷，即可進行寶石覆蓋

寶石雕刻
寶石可以雕刻，來提升寶石的屬性值。雕刻過后的寶石的屬性值一定會比普通寶石要強。
前往NPC處打開寶石雕刻界面，將寶石放入，即可雕刻寶石。