接著便是廣大玩家最關心的戰斗部分。《三國志13》的戰斗可也說是場面氣勢磅礴，戰斗雖然說不上緊湊，但是卻頗具《全面戰爭》的味道。

玩家可以自由調整行軍路線和攻擊方向，在戰斗中玩家還可以適時的使用計策來增加己方士氣或者誅殺地方武將和士兵。

同以往《三國志》的兩軍混戰不同的是，本次增加了兩軍對壘，武將單挑的模式，只要己方武將在單挑中獲勝，便可俘獲敵方武將，同時讓敵方軍心潰散，從而輕松取勝。

本作還特別增加了水上作戰模式，玩家可以控制艦船互相戰斗，而攻城戰中，玩家可以使用種類繁多的攻城器械，可以說是一大亮點。